ในโลกอนาคตปี 20XX คอมพิวเตอร์ส่วนใหญ่ได้ถูกเชื่อมต่อเข้าด้วยกันด้วยเครือข่ายขนาดใหญ่ ซึ่งสามารถซ่อมแซมปรับปรุงแก้ไขได้อย่างง่าย ผู้คนมากมายใช้ PET(ย่อมาจากPersonal Terminal) ในการท่องอินเทอร์เน็ต PET ยังสามารถใช้เชื่อมต่อ(plug in) เข้าไปในทุกอย่างที่มีพอร์ตสำหรับรองรับได้อีก แต่ทว่าในอินเทอร์เน็ตนั้นก็มีไวรัสอยู่ทั่วไปจึงต้องมีโปรแกรม นาวิเกชั่น(Navigation) หรืออาจเรียกได้อีกอย่างคือ เน็ตนาวิ อินสตอล(Net Navi Install) อยู่ข้างในคอยช่วยในการกำจัดไวรัสทั้งหลายระหว่างที่กำลังเล่นอินเทอร์เน็ต รวมทั้งเล่น เน็ตแบทเทิล(Net Battle) ระหว่างกันโดยใช้ แบทเทิลชิป(Battle Chip) ต่างๆ ซึ่งถือได้ว่าเป็นสมองอิเล็คทรอนิคส์ของศตวรรษที่ 21 และ PET plug in เข้าไปแก้ไขระบบที่เสียหายทั้งที่เกิดจากไวรัสและระบบขัดข้องได้ แต่ว่าอาจจะมีการนำไปใช้ในทางที่ผิด เช่นการส่ง เน็ตนาวิ(NetNavi) ไปทำลายระบบคอมพิวเตอร์หรือก่อกวน ซึ่งจะมี เน็ตแบลเทิลเลอร์(Netbattler) คอยแก้ไขปัญหาที่เกิดจากไวรัสเหล่านี้ นับว่าเป็นเครื่องที่ใช้ประโยชน์มากมายหลายอย่าง และยังแฝงไปด้วยโทษถ้ามีการนำไปใช้ในทางที่ผิด ได้มีกลุ่มองค์กรกลุ่มหนึ่งชื่อว่า "World Three" ทำการก่อกวน Internet โดยการส่งไวรัสเข้าไป หรือส่งไวรัสไปทำลายระบบต่างๆ รบกวนชีวิตของชาวเมืองทั่วไป ฮิคาริ ยูอิจิโร่ ได้ทำการสร้าง เน็ตนาวิ ที่มีจิตใจเหมือนคน สามารถมีความรู้สึกนึกคิดได้เองขึ้น โดยมีความลับในการสร้างแอบแฝงอยู่ ซึ่งก็คือ ร็อกแมน เอ็กเซ่ (Rockman.EXE) โดยเขาได้สร้างให้กับลูกชายของเขานั่นเองซึ่งก็คือ ฮิคาริ เน็ตโตะ ต่อมานอกจาก World Three แล้วยังมีองค์กรชั่วร้ายเพิ่มมาอีกกลุ่ม นั่นก็คือ Gospel